Происходит из рода тобыкты племени аргын[3]. Занимался политикой. Всерьёз творчеством занялся только с 1898 года, после сорока лет. По определённой системе стал изучать западную и восточную литературу, познакомился с наследием таких поэтов и мыслителей Востока как Хафиз, Физули, Навои, а также с произведениями Байрона, А. С. Пушкина, Л. Толстого. Его перевод Хафиза на казахский остаётся непревзойденным по мастерству и технике, также как и блестящий перевод повести Пушкина «Дубровский». Самостоятельно овладел арабским, персидским, турецким, русским языками. В 1903 году был принят членом Западно-Сибирского отделения Императорского русского географического общества.
В 1906 году совершил хадж в Мекку (совместно с Канапия-кажы — дедом Б. Канапьянова). Посетил Мысыр (совр. Египет), Стамбул, работал в библиотеках, пересылая по почте в Семипалатинск приобретённые им книги. Последний период его жизни пришёлся на революцию 1905—1907 гг., столыпинскую реакцию, Первую мировую войну, национально-освободительное движение 1916 года в Казахстане, февральскую и октябрьскую революции, гражданскую войну, установление советской власти, коллективизацию. Участвовал в национально-освободительном движении «Алаш».
Социалистическую идеологию не принял. Когда с приходом большевиков наметились тенденции к разрушению традиционного уклада жизни казахов, Шакарим недоумевал: ради чего, во имя чего и для чего разрушать, а что взамен? Шакарим также категорически не воспринимал государство, построенное на силе. В этих условиях поэт считал для себя неприемлемым писать стихи, воспевающие новую жизнь. Шакарим предпочёл уединиться.
С 1922 года поэт жил в местечке Шакпан в горах Чингистау . 2 октября 1931 года тайно расстрелян без суда и следствия. Творчество Шакарима долгое время предавали забвению. Несмотря на решение Генеральной Прокуратуры СССР от 29 декабря 1958 года о реабилитации Шакарима Кудайбердиева за отсутствием состава преступления, запрет на публикацию его трудов сохранялся. Мнение о «буржуазном национализме» продолжало культивироваться в обществе.
Прижизненные издания Шакарима: книга «Зеркало казахов», поэмы «Калкаман-Мамыр» и «Енлик-Кебек»; отдельные стихи, статьи, эссе были опубликованы в 1913—1924 годах в журналах «Абай», «Айкап», «Шолпан», в газете «Казах». «Абай» и «Шолпан» напечатали его переводы из Хафиза и поэму Физули «Лейли и Меджнун». Поэтический перевод «Дубровского» и «Метели» А. С. Пушкина были опубликованы в 1936 году в Алма-Ате в журнале «Адебиет майданы».
Популярные вопросы