По какой морфеме определяется склонение имени существительного?

по окончанию (морфемы - это части слова)

синеет [с’ин'эй'эт  ] море [мор'э  ]   перед [ п'эр'эт ]   нами[нам'и  ]   , летают[л'итай'ут  ]       чайки [ч'ай'к'и  ]     над [ нат ]     волнами. [ валнами ]

это если, как у вас написано: каждого слова.

но при произношении предлоги произносятся вместе со следующим словом, поэтому:

перед   нами [п'эр'еднам'и],       над волнами. [ надвалнами ]

изумрудная и зелёный