Put the verbs in brackets into the past perfect or the past perfect continuous. 1 Tom was angry because he had missed the last train home.

1 had missed (Past Perfect, т.к. действие, которое предшествовало другому действию в прошлом ("рассердился"))
2 had only been working (Past Perfect Continuous, т.к. действие, которое длилось некоторое время в прошлом, и описывается его результат ("повысили"))
3 had eaten (Past Perfect, т.к. действие, которое завершилось в прошлом при описании его результата, результат очевиден в прошлом ("покушали"))
4 had been waiting (Past Perfect Continuous, т.к. подчеркивается длительность действия, которое началось и закончилось в прошлом перед другим действие в прошлом ("автобус приехал"))
5 had been digging (Past Perfect Continuous, т.к. действие, которое длилось некоторое время в прошлом, и описывается его результат ("весь в грязи"))
6 had not finished (Past Perfect, т.к. действие. которое завершилось в прошлом при описании его результата)
7 had been cooking (Past Perfect Continuous, т.к. подчеркивается длительность действия, которое началось и закончилось в прошлом перед другим действие в прошлом ("гости приехали"))
8 had just decided (Past Perfect, т.к. действие, которое предшествовало другому действию в прошлом ("подошел автобус"))

45 вот и все легко и понятно