Есть ли воздушные мешки у нелетающих птиц по типу Страуса, пингвина, и т. п.

да есть. Они задействуются в дыхательной системе птиц, как летающих, так и нелетающих

кости черепа и позвоночника довольно прочные, сохранять в безопасности от травм и повреждений важнейшие нервные центры спинного и головного мозга. что позволило животным иметь более развитую нервную систему и продвинуться выше по эволюционной лестнице.

плакоидная чешуя, хрящевой скелет, отсутствие плавательного пузыря, остатки хорды всю жизнь, жаберные щели, поперечное ротовое отверстие на нижней стороне головы и др.