Палеозойская эра характеризуется появлением большинства представителей типа хордовых:​

нормальная муха дрозофил имеет светлое тело и длинные крылья,а мутационная-черное тело и короткие крылья.

и первое и второе можно определить по внешнеме виду(ну первое еще и по вкусу)

1)по размеру,по отсутствию каких-либо внешних дефектов,по вкусовым качествам

2)можно конечно воспользоваться генетическим анализом и проверить весь геном на наличие мутаций =),но вообще у породистых животных все изменения(в том числе и генетические) влияют на внешний вид(появление пятен,нехарактерное изменение окраски и т.д)  

предком амфибий были рыбы.

так как корневище - это видоизмененный побег,то на нем должны быть видны почки,если их нет,то в местах их возможного появления есть придаточные корни.может этого недостаточно,но это главный отличительный признак